- Chức năng:
 + Tư vấn, thiết kế, nghiên cứu, khảo nghiệm và chuyển giao khoa học công nghệ  thuỷ sản.
 - Nhiệm vụ:
 + Tư vấn, xây dựng các chương trình dự án phát triển nuôi trồng và bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản cho các địa phương.
 + Thiết kế các công trình phục vụ và phát triển nuôi trồng thuỷ sản.
 + Tổ chức các hoạt động nghiên cứu, khảo nghiệm ứng dụng các tiến bộ khoa học công nghệ trong và ngoài nước về: giống, thức ăn, hoá chất, các chế phẩm sinh học, các thiết bị công nghệ  sử dụng trong nuôi trồng thuỷ sản.
 + Hợp tác với các tổ chức trong và ngoài nước về ứng dụng và chuyển giao công nghệ thuỷ sản vào sản xuất theo sự phân công của Viện trưởng và theo  quy định của pháp luật.
 + Tham gia công tác đào tạo khuyến ngư.
 + Quản lý, sử dụng có hiệu qủa các công trình, tài sản do nhà nước và Viện đầu tư trang bị.
 + Thực hiện các nhiệm vụ khác do Viện trưởng giao.